1954年，有着40年党龄的雷震被国民党开除党籍。同年，施明德考入高雄中学。1955年仲夏，施明德暗自立下志向：投考军校从军，然后伺机发动兵变，推翻国民党独裁政权。
这一年施明德才13岁，但他的心志已相当成熟。他唯一忧虑的是不知道如何对妈妈说。因为当时台湾本土人认为念军校相当没有出息。他回忆说：
有一天黄昏，妈妈正在门口纳凉，我鼓起勇气悄悄地靠近妈妈，以尽可能轻松的口气告诉妈妈：“我要去。您有5个儿子，少掉一个没关系嘛。”妈妈反而哭得更加厉害。而我知道话只能说到这里为止。
秋天时，我真的进入陆军炮兵学校就读，就此开启了我这一生从不后悔的革命志业。[ 选自《囚室之春》第35-36页，施明德 著，台湾宝瓶文化出版，2006年9月出版二刷。
]
1959年，施明德读高一，就和同学蔡财源秘密创建“亚细亚同盟”，宣称“先推翻国民党，台湾独立后，以台湾为根据地，尔后征服中国大陆，再联合亚洲国家成立亚洲联盟”。不久，和校友陈三兴创建“台湾民主同盟”联合，成立“台湾独立联盟”。
历史学家大多公认，“台独思想”起源于1947年的“2·28事件”和此后国民党对台湾人民的疯狂镇压。
成立后的“台湾独立联盟”以施明德为首。他的大哥施明正、三哥施明雄也是“台湾独立联盟”的成员。
1960年，雷震被国民党以罗织的“知匪不报”罪名逮捕，开始10年漫长的牢狱生活。这一年，施明德读高二，他以同等学历考取陆军候补军官学校，并鼓励志同道合的同学一起投考军校。
1961年8月，施明德从军校结业，被派往金门服役。在那里他将少尉排长张茂雄拉入“台湾独立联盟”。
1962年年初，“台湾独立联盟”在高雄的成员，讨论发动军事政变的时机。在密谋过程中，一会议参加者向国民党自首。
1962年5月，国民党认为时机已到，便将该盟成员180人一网打尽。
6月16日，施明德在小金门被捕。很快转移到“陆军总部军法看守所”，遭到严刑拷打，满嘴牙齿全部被打落，脊椎受重伤。他的毫不知情的大哥施名正也被抓进来屈打成招。
1964年4月1日，施明德被判处无期徒刑，虢夺公权终身。
这一年他才23岁。冬天，他被移送到台湾台东县东河乡泰源谷地的泰源监狱服刑。从此开始长达15年的监狱生活。
那时台湾的无期徒刑就是无期徒刑，不会减刑或者被假释。23岁，正是青春年华、前途远大的时候，可是等待施明德的却是终身监禁，是“在圆圈中奔跑，只有起点，永远看不到终点的人”。
台湾迫害政治犯的方法很特别，几乎没有外出放风的机会，也不要求政治犯进行劳动改造。这听上去好像很人道，可是，人被长期、单独地关押在斗室之中，长年累月“从门到窗户是七步，从窗户到门也是七步”，看不到阳光、蓝天、白云，没有人和你聊天，听你倾诉。因此很少有人都经受得住绝望、孤独对内心的侵蚀。因此在监狱中，政治犯们想方设法争取走出监牢、参加劳动的机会。连李敖在他的回忆录里都说自己争取到外出劳动的机会后是多么高兴。
可是施明德真是与众不同，在漫长的牢狱生活中，他把监狱当成学校、当成研究机构，发明出一套永不放弃、“拒绝绝望”的“囚犯哲学”：
第一、囚禁只是一种失去空间换来时间的生活状态。自由人虽能享有辽阔的空间，却不得不为名、为利、为世俗杂务奔波，而囚犯的空间固然是有限的、局促的、孤单的，但却能拥有更多的时间来研究和思想自己真正喜爱的东西。
第二、不要求环境适应自己，而是要求自己适应环境。
第三、拒绝接受“绝望”的意识。[ ]
面临终生都将处于监狱这样最为悲惨的处境，施明德深知如果任由“绝望”控制自己的心灵，他就会很快被沮丧、迷失的心态推向堕落和毁灭。为此，他每天努力，拒绝“绝望”的侵袭。他排斥‘绝望’的方式不是采取唐吉可德那样自欺欺人的方式，而是坚信自己面对的所谓‘绝望’，所谓终身监禁，只是在某些特定的人为情势或条件保持原状下的结论。他相信，外在的环境随着时间的推移，必然会发生变化，而情势的变化会导致自己处境的改善。
在自己发明的这套“拒绝绝望”的“囚犯哲学”的支持下，施明德把漫长的牢狱生活当成自己读书岁月的拉长或扩张。
1965年，24岁，跟同房政治犯学习日文，开始有系统地专攻国际法。
1970年2月8日，泰源监狱部分政治犯联合50余名台湾籍看守和士兵发动暴动越狱，史称“泰源事件”。事件被镇压后，国民党以施明德知情不报为由，把他独囚在一个六尺长、三尺宽，站立时双手无法平伸出去的禁闭室里，长达11个月。
1970年9月4日，雷震坐满一天都没有减刑的10年刑期。开始晚年深居简出的生活。
由于有坚定的信仰和永不放弃的奋斗目标，在整整15年囚禁生涯中，施明德完全被囚禁在孤独、寂寞的牢房中。他说：
被捕后，我没有丧志、堕落，更不像绝大多数政治犯那样，以当“外役”换取部分活动空间和稍好的生活条件，或整天在囚房内下棋、玩牌、聊天。我决心“以失去的空间换取更多的苦修时间”。
15年中，我没有当过一天“外役”，还常常放弃到室外运动的机会，专心苦读、研究、著作、沉思。[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第161页。台湾宝瓶文化出版。]
他继续说：
在坐牢之前，我只有献身人权与和平事业的理想，几乎没有实现理想的方法、步骤和全盘计划。在15年中，透过苦修，使自己具备了应有的学识。
另方面我了解不能和社会脱节。我尽量经由合法途径或“偷渡”方式取得各类报纸、杂志、书刊，使自己与社会保持“联系”与“接触”。由于这样用心，长年以来，我虽然不能确知外界“谁在做什么”，但我可以推知大概“有人会做什么”或“该做什么”。
我对世界大势及台湾前途非常有方向感。[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第162页。台湾宝瓶文化出版。]
作为一个基督徒，施明德深信，苦难是上帝赐给他的隐藏的礼物。在中国大陆和台湾，这100多年来，多少仁人志士抱着不自由毋宁死的信念、抛头颅、洒热血，目标都是为了自由。但是自由自有其独特的理念、原则、适合生存的土壤，还需要追求的策略、方法、手段、步骤和追求自由的人自己必须坚守的原则。
上帝给了施明德15年的患难。在孤独和寂寞中，让他得以明了追求民主自由的正确路径和必须坚守的核心原则。
他已经远远超越胡适、雷震、殷海光等自由主义大师，也包括台湾其他从事民主运动的领袖们。
在施明德看来，这些自由派大师共同的缺点是：
他们的主张太笼统和庞杂，最大的缺点是没有界分“阶段”，并使每个“阶段”拥有“主目标”和“次目标”，以便利追随者和人民在某个时期或某个阶段内共同致力于可以实现的主题。一致大多沦为空炮弹，“很响”却伤不了国民党政权。
尤其严重的是这些才俊们全犯了“书生论证”的大毛病，不能使理念落实，他们根本没有向追随者提供“如何做”才能实现诸如“制衡”和“民主”等理想的具体可行的“方法”和“步骤”。
大家都 在“谈”，只是在“论”，而根本没有人去“做”！
其结果是使台湾只有“反对的气氛”，完全没有“反对的势力”。
“气氛”是散漫的、难以控制和支配的。“势力”固然要以“气氛”为前导，但是它是要有组织、有领导、有理想、有目标、有步骤、有做法的……[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第168页。台湾宝瓶文化出版。]
在监牢中，施明德详细计划出“推动台湾民主运动”的蓝图：
在牢中我就有了这样的结论：要突破“台湾问题”的僵局或要促进台湾的人权及维护两岸和平，就必须唤醒沉睡的台湾人民共同奋进，携手推动“台湾民主运动”。
我深知任何社会改革运动都必须划分“阶段”，每个“阶段”都应有它特定的目标和实现目标的特定手段和方法……[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第164页。台湾宝瓶文化出版。]
经过权衡现实，认真分析，施明德把“推动台湾民主运动”区分为四个阶段[ 据《施明德的最后遗嘱》，这四个阶段为：第一阶段：突破期；第二阶段：扎根期；第三阶段：合作期或对抗期；第四阶段：成功期。]。每个“阶段”都设定一定的特征，表示它的开始和结束，并赋予每个阶段某些追求的主题和实践的方法。
施明德设计“推动台湾民主运动”的第一阶段，也是最难、最危险、最重要的阶段为“突破期”。他认为一旦走过“突破期”，台湾的自由就如江河入海，浩浩荡荡。
他为“突破期”设定的宗旨和原则是:
1. 扫除从“二二八抗暴事件”以来一直笼罩在台湾的恐怖气氛，鼓舞台湾人民自救的勇气和牺牲精神。
恐怖气氛不扫除，人民就不敢大量投入“民主运动”中。畏惧是一种极有害民主政治的心理障碍，要排除这种恐怖气氛，在手段选择上要太胆，但绝对要守住一项基本原则：“只能向国民党政权的政治禁忌挑战，不能向国民党的法律挑战。”以免授予当权者下毒手的把柄。
支持“台湾民主运动”以极小的代价取得辉煌成就的这一原则的关键理论是“暴力边缘论”。
2. 组织一个“没有党名的党”，把“反对气氛”转化成“反对势力”。
施明德受英国工党从费边社开始及“巴勒斯担解放阵线”并不自称为党等历史事实的启发，总结前辈雷震创建中国民主党，不幸坐牢10年的惨痛教训，意识到在国民党政权钳制下，一定要把“党”称为“什么党”，是极端迂腐和肤浅的！而且风险极大。
施明德思考，只要能把人组合起来，产生“势力”的作用，管这个组合叫“公司”、“社”乃至“店”，又何妨？等“事实”既成，国民党也默默接受了，再改为“党”，便等于水到渠成。这是一种成熟、稳重的做法。
3. 使“台湾民主运动”国际化。
台湾是个海岛，地理形势大大有利于独裁政权歼灭反对分子。因此必须和海外台侨及国际人权组织建立合作或互通气息。能这样，多少能给国民党政权一点点“心理压力”，情势最恶劣时，还可以从国际舆情上得到一些声援。
而且，一旦国民党下狠手，自由的“火种”还会留在海外。
4. 以人权与和平为最高理念，在行动上集中于突破、扫除戕害民主政治，强暴宪政体制的“党禁”、“报禁”、“戒严令”和“万年国会”四大害。
有了目标、宗旨，还必须有切实可行的实施的手段。施明德设计，在“突破期”中，所使用的手段必须积极、大胆又心细，工作者要有当烈士的心理准备。
他说：
我认为在“突破期”应探取三大“手段”或“路线”：
A. 群众路线。
群众路线包括静态的群众演讲大会，和动态的旅行示威。
这个阶段的“群众路线”的主要目标不是要迫使国民党政权屈服，是要鼓舞台湾人民的勇气、士气和补助文宣工作达不到的“宣扬人权、民主和和平”等理念的“死角”。
B．组织化路线。
这个阶段的“组织化”实际上就是“组党”，但该“组织”不能大摇大摆挂上“党名”，那样太敏感，太尖锐，反而不易被接受。也就是要组织一个“没有党名的党”，求实不求名。
C. 海内外结合路线。
“台湾民主运动”不能孤立于台湾！应和海外台侨团体和国际人权组织联合在一起。政客常会排斥异已，使海外台侨及早加盟，才能防止他们将来被岛内政客所抵制与排斥。[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第172-176页。台湾宝瓶文化出版。]
台湾民主自由的理论家、策划大师和执行大师施明德终于在监牢中诞生。
但是，作为一个自由的斗士，有了践行自由的理念、目标、方法和手段固然重要，但还远远不够。真正的自由主义者必须学的一个功课就是战胜自己，把自己从仇恨的捆绑中释放出来，学会爱和饶恕。
在监狱中，上帝也给施明德上了这个功课。
进监狱前，施明德有一个热恋的女朋友，名叫陈丽珠。陈丽珠是施明德妹妹的小学同学，陈家乃高雄望族。陈丽珠从小在优越的环境中长大，性格颇为刚强。小时候，陈丽珠常常到施明德家玩耍。
在那纯真年代，她和施明德相互爱慕，坠入爱河。
1959年，18岁的施明德高中毕业，进入陆军炮兵学校时，陈丽珠已经未婚先孕。
1960年，陈丽珠生下大女儿施雪蕙。
在施明德坐牢的日子里，陈丽珠虽然以泪洗面，却无怨无悔，她带着女儿每过几个礼拜就会去绿岛跑一趟，带着衣物、食品、书籍等看望施明德。
在中国大陆，由于邓丽君传唱的《绿岛小夜曲》，绿岛成为大陆很多人心中最浪漫、最有温情的地方。殊不知，绿岛在台湾又被称为火烧岛，是专门关押政治犯的地方。从台湾高雄经台东出海，乘船到绿岛。旅途漫长颠簸，陈丽珠带着施雪蕙，丝毫不以为苦。就这样，数年如一日，坚持照顾女儿并苦苦等待丈夫。
为营救施明德，陈丽珠发信给各机关和媒体请愿，甚至一度扬言要到总统府前自焚。
1968年，施明德在服刑时被诊断出患上胃癌，被送往台东医院戒护就医，陈带着施雪蕙前往照顾，隔年，陈生下二女儿施佩君。
1974年，施明德已经坐了12年牢，这一年，他狱中的难友蔡宽裕刑满释放。出于对好朋友的信赖，也处于对家人的牵挂，施明德委托蔡宽裕前去探望妻女，并关照他们。让施明德万万没有想到的是，好友背信弃义，给陈丽珠献上了殷勤，而他的妻子也在等待他这么多年之后，突然变心，嫁给了他昔日的过命之交蔡宽裕。
国民党对施明德的迫害他能够接受，可是，昔日战友在他心上插的这一刀差点要了施明德的命。他极度痛苦，心中充满了仇恨。他发誓要象基督山伯爵一样一旦出狱，就要报仇雪恨。
1975年，蒋介石去世，蒋经国实施全国减刑。施明德从无期减为有期徒刑15年。
1976年，35岁、已经坐牢14年的施明德，在苦留未果后和陈丽珠签订离婚协议书。
1976年12月24日，平安夜。在祷告后，施明德体悟到“忍耐是不够的，还必须宽恕。”
如果和中国传统的革命者一样，任由仇恨所驱使，即使推翻了国民党的统治，自己能够成功，也不过是又一个独裁者，甚至更坏。
为了自由，他受了那么多苦；同样是为了自由，他不愿意任何人再遭遇到他所受的苦难。
上帝告诉施明德，你不能学基督山伯爵，而要学耶稣。
施明德的精神终于和圣雄甘地、马丁·路德·金，以及在他之后的昂山素季接轨。非暴力自由运动起源于圣雄甘地，他是受伟大作家托尔斯泰一本书的影响。在那本书里托尔斯泰希望将耶稣的一句话“有人打你的右脸，连左脸也转过去让他打”付诸实践。
托尔斯泰没有做到这一点，但是甘地做到了。
非暴力的精神的核心是用自苦、持续的甘心自苦来唤醒迫害者心中的良知，并体认这样一个原则：
我没有敌人！只有和我有着共同弱点、需要我宽容和饶恕的对手。
施明德放下仇恨，感到平安。
1976年6月16日，整整15个青春年华过后，施明德走出国民党的大牢。他说：
当我离开监牢时，我没有了双亲，没有家，没有钱，没有朋友，除了五位各已成家的兄妹外，这世界对我不屑一顾！
但是孑然一身、“户口牌钉在电火柱”的我，已非当年入狱时的“我”了。我脑中的信仰、理想更加坚定和具体了。我已拥有不义之徒掠夺不了的学识和更为成熟的智慧了。
尤其珍贵的是，我已在牢中研拟好如何实现理想的方法、步骤和全盘计划了。这些计划已不知被我在脑中以“沙盘作战”方式演练过多少次了。[ 选自《囚室之春》，施明德 著，第162页。台湾宝瓶文化出版。
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虽然施明德有很多缺点，但这是上帝亲自撒给台湾自由的一粒种子。
很快，这粒种子就开花结果。