此时的周培源，游离在北大文革的中心圈之外。因为他在社教运动中对陆平做过尖锐的批评，人们便没有把他划入“陆平黑帮”圈子之内；又由于他是“陆平王朝”的副校长、一个有资产阶级烙印的学术权威，他也当不了“左派”，没有被列入校文革筹委会的班子中去。他是作为一个留用人员，依然主管北京大学汉中分校——因1965年3月开始筹建故又被称作653分校的工作。653分校，地处陕南汉中盆地，深藏在秦岭南麓，历史上三国时期蜀魏多次在此交战，后来很少有战火燃起，因而被视作大三线的腹地。北京大学遵照中央的战略部署，将理科中与国防关系较为密切的专业，如力学、无线电、核物理、生物物理学等专业设置在这里，以备不时之需。1967年9月中旬，周培源自西安下了火车，坐汽车穿越了山峦叠嶂的秦岭，本以为来到一个宁静祥和的桃花源。谁知，普天之下，莫非王土，这里同样开展着“如火如荼”的文化大革命，其激烈程度，只在北大之上，不在北大之下。一个建筑公司的副经理，成了党内“走资本主义道路的当权派”，被“革命工人”、“革命师生”撤了职、罢了官。由于北大653办事处支持了工人们的造反，致使北大师生与副经理的矛盾开始激化。周培源的到来，树大招风，使这场戏的剧情更趋复杂。那个副经理采取以攻为守的策略，鼓动不明真相的职工将这把火引向了周培源，几天之间，从汉中到阳平关，到处可见这样的传单和大标语：

　　“周培源是陆平、彭佩云黑帮分子！”

　　“周培源是57年漏网右派！”

　　“周培源是汽油库爆炸的黑手！”

　　周培源危急！消息很快传到西安，正在西安串联的哲学系四年级同学赵丰田，联络了数十名北大同学，急如星火地赶到了653分校，与在分校的一百多名北大师生汇合在一起。他们推选了周培源、技术物理系四年级的班长邓朴方、生物系教师、自苏联归来的“反修英雄”和邑棠、以及素有理论家之称的赵丰田等人，组成了临时领导小组，领导了分校的文化大革命。

　　工人们多次围攻主楼，高喊“打倒周培源”的口号，试图冲进大楼，揪出周培源。在邓朴方的建议下，赵丰田拟定了一篇讲话稿，来到了二楼的阳台上向工人们宣讲，说明周培源不是资产阶级反动权威，更不是右派和黑帮分子，他得到了毛主席和周总理的支持与信任，先后被派遣去欧洲、苏联与帝国主义、苏修、各国反动派进行过坚决的斗争……宣传起了一定的作用，有些职工悄悄地退出了围攻的队伍。但是，建筑公司又由南郑和汉中市调来了增援的职工，几次三番地冲击主楼，“吼”声震天，矛头还是对准了周培源。

　　形势十分紧张，领导小组一方面给北大和中央发了紧急电报，另一方面则加强了保卫工作。邓朴方当时身健力壮，精力充沛，晚上经常率领几个同学和转业军人，在楼里巡逻，时刻提防对方可能发起的突然袭击。有师生员工们的拥戴和保护，周培源有一种安全感，他听到楼外有人喊道：“把喝美国牛奶长大的周白毛揪出来示众！”

　　他嘻嘻地一笑，以通常惯有的幽默回答道：“他们说错了，我是长大了以后才喝美国牛奶的。”

　　借此话题，邓朴方、赵丰田等同学向周培源了解他在美国留学的情况。他将自己的留学经历，从芝加哥大学到加州理工学院，以至在欧洲做博士后等经历，娓娓道来。殊异的时空差距，使听者颇觉新鲜；患难时刻，促进了两代人之间的沟通，他们之间因而建立了深厚的情谊。

　　9月下旬，为了参加国庆招待会并向中央汇报汉中情况，周培源与邓朴方、赵丰田一起返京。回北大后，周让邓、赵二人住在朗润园专家招待所，整理汉中材料，以备参加国庆招待会时，将材料递交给周恩来总理。

　　朗润园也不平静，文革风暴非但没有趋向止息，而且正在掀起更大波澜。毛泽东主席写了一张《炮打司令部》的大字报，把矛头对准了刘少奇，并危及邓小平。邓朴方的家人已感到形势的紧迫，便将邓朴方召回家中。

　　此时，北京大学文化革命委员会已经正式成立，聂元梓任主任。自北大社教时，即想自上到下一锅端的聂元梓，终于如愿以偿，打倒了陆平、彭珮云，并取而代之。为了稳固自己的统治，她亲自召集发起，组织了北京大学红卫兵，并将其领导权交付给勇武强悍的孙蓬一。这个在社教后期，承受着很大压力而拒不认错，并对痛哭流涕的聂元梓鄙夷不屑的山东汉子，此时也服膺于炙手可热的权势，从此成为聂元梓最忠实最得力的助手。北大新贵聂元梓，自以为大权在握、大功告成，便在校内开始大树特树个人的绝对权威。左与右，以对她的态度为分界线；是与非，取决于她的表态。她成了北大说一不二、蛮横专权的“老佛爷”。北大开始流传这样的民谣：“老佛爷面前一声‘喳’，赏你一件黄马褂。”还流传着另一句民谣，叫做：“每月二十五，展览馆的人就吃苦。”这句话是指每月二十五日，聂元梓等人贴大字报的日子，北大文革展览馆的人，就要到大饭厅东墙南侧，重新张贴“第一张马列主义大字报”。今非昔比，大字报的外貌决不象原来的那么寒酸，上端要写上醒目的大幅标题，周围衬上鲜丽的各色花边，内文则要书写得工整、艺术。在展览馆中，名义上是宣传毛泽东思想和毛主席革命路线，实际上是以此为名，宣传和突出自己。它给人以这样的感觉，只有“革命闯将”聂元梓是真正的英雄，而群众是幼稚可笑的。她的丰功伟绩，被反复宣传，热烈歌颂；而批评她的大字报，则鉴于“内外有别”而很快被掩盖掉。北大一些社教左派，如孔繁、杨克明、杨勋等人，因对她的工作与工作方法提出了一些不同意见，则被打成“政治扒手”、“假左派”，后来被毫不留情地请出“校文革”和《新北大》报编辑部，并成为全校的批判对象。

　　聂元梓在完成了向陆平党委和张承先工作组的夺权任务之后，便腾出手来，以包打天下的姿态，提出“上揪下扫”的口号，在扫除校内不利于自己的障碍之外，又向上面伸手。校园内出现了《刘少奇——中国的赫鲁晓夫》的长篇大字报，学生们还到中南海西门集会，要求揪斗刘少奇。11月8日，聂元梓、孙蓬一等11人署名，贴出了所谓的“第二张马列主义大字报”：《邓小平是走资本主义道路的当权派》。大字报明确指出：“我国党内头号走资本主义道路的当权派是刘少奇，二号人物就是邓小平。”此时的聂元梓已经目空天下，忘乎所以了，她已成为中央文革一根疯狂的魔棍。她下打陆平、彭珮云，中打彭真、李雪峰，上打刘少奇、邓小平，又横扫安子文、薄一波、谭震林、贺龙，以至于老元戎朱德。“朱德是大军阀、大野心家”等大标语贴满了北大校园和海淀小巷，还贴到了长安街。批判《朱德将军传》的文章刊登在《新北大》报上，印发50万份，向全国散发。她派出了许多红卫兵，到各部、各地煽风点火、批斗夺权，到军队里串连，收集各种情报。她还秉承江青的旨意，与其忠实的助手孙蓬一，率领“红旗兵团”，到上海煽风点火。他们在上海进攻的第一个目标是所谓的北大社教的“叛徒”——华东师范大学党委书记常溪萍。聂元梓作为报复的仇神，以最激烈的言词，发泄了她对常溪萍的深仇大恨，发誓要把他斗倒斗臭，直至压在阴山脚下，永世不得翻身。顺着常溪萍这条线，她又把火烧向了以曹荻秋为首的上海市委，率领北大红卫兵围攻曹荻秋，认定上海市委推行的是反革命修正主义路线，在文革中执行了资产阶级反动路线，在上海滩上扬起了炮打上海市委的弥天烟尘。

　　这时的聂元梓哪有耐心和情绪倾听周培源关于汉中分校运动的汇报呢？她先是将其推给了校文革，校文革亦因聂元梓缺席而未能做出决议。分校的运动并未因周培源的离去而平息，而是矛盾日趋激化，人们都翘首企盼周培源能给他们带来好消息，周培源心急如焚。他又一次找到了聂元梓，向她反映汉中分校的情况。说者似火，听者似冰，聂元梓冷冷地回答道：“你去找老白去吧！”老白指的是校文革中负责行政后勤的白晨曦，他怎能处理得了汉中分校的运动呢？显然，这是一种不负责任的推诿。这寥寥几个字，对于周培源来说，似在数九寒天里泼了一盆凉水，从身上到心里都凉透了。他没想到，这个闻名全国的大左派，对653工地的文化革命如此无动于衷，如此莫不关心，于是他对聂元梓的满腔期望，转瞬间化为泡影。认定她对653工地的学生、工人们缺乏阶级感情。周培源由此联想到，学校召开校文革选举代表大会时，并不通知汉中分校，实际上等于剥夺了一百五、六十人的选举权。连毛主席题字的“新北大”校刊第一期，也未能寄给汉中。这使周培源感到汉中分校“被抛到了九霄云外”，他对此颇有意见。

　　10月下旬，某友好国家的王子，在该国驻华大使陪同下来北大报到学习，本应由校文革主任聂元梓出来接见，聂元梓说有事来不了。校文革即确定由白晨曦、周培源、崔雄崑三人出面接见。接见时，他们向该国王子与大使再三解释，聂元梓同志因另有重要会议，不能亲自前来，深表歉意。话刚说完，聂元梓又突然推门进来，使得三个主人脸上发烧，一副窘相，很是尴尬，只好对客人解释说：“她开完了会，所以又来了。”之后，三人请聂元梓向客人介绍北大文化革命的情况。聂元梓回答是不用介绍了，展览会上都有介绍，到那里看看就是了。周培源提醒聂元梓：

　　“大家对这个展览会意见很大，不知展览会整理过了没有？”

　　回答是，已经整理过了，可以去看，而且已经和文革办公室联系好了。于是，一行人来到展览馆门口，没想到，展览馆是铁将军把门，他们吃了一个闭门羹。一直等了一个多小时，才找到人开了门。开门一看，里面满屋尘土，图片上到处贴着同学们提意见的小条子。中间的一个屋子，因屋顶漏雨而地上淌满了水，一根木头横斜地躺在那里。所有的情况都说明，展览会并没有聂元梓所说的进行了整理，它的破败冷落，不仅使主人难以为情，亦使客人为之难堪。周培源很是生气。他接待外宾，不计其数，可从来没有像今天这样狼狈过。言而无信，出尔反尔，已是很不礼貌的行为，又让外宾长时间等候，去看这么一个破乱不堪的展览，真是丢尽了脸面！聂元梓以这种轻率的态度对待这么严肃的政治任务，哪里像一个领导干部的样子呢？

　　北大毕竟是北大，它有着“五四”的科学、民主传统，崇尚真理，而不崇拜偶像。首先，是聂元梓的战友，社教积极分子孔繁、杨克明、杨勋等人提醒她，不要自我陶醉，唯我独左，唯我独革，大树特树个人的绝对权威。学生则更激烈，提出：“搬开聂元梓这座偶像，走自己的路。”物理系路远、周闯贴出了大字报：“搬开聂元梓北大才能乱。”数力系学生杨作森、生物系卞宗美、刘秉慈、王山米等人，以“明知山有虎，偏向虎山行”的勇气，组织了“虎山行”战斗队。他们不仅敢于严厉抨击聂元梓，还把矛头指向了中央文革，贴出了“炮击中央文革”、“火烧中央文革”、“中央文革必须开门整风”的巨幅标语。他们旗帜鲜明地支持北京林学院学生李洪山给中央文革所贴的大字报，还对北京农业大学附中学生伊林、涤西给林彪的大字报表示“坚决支持。”卞宗美说：“如果都象伊林、涤西这样敢于批评的人，中国就会永远不出修正主义。”杨作森也对文化大革命提出了很有先见的看法：“我担心这是斯大林后期的重演。”他们尖锐地指出：“聂元梓的后台是江青，所以搬开聂元梓必须炮打中央文革。”“只有炮轰中央文革，北大运动才有出路。”

　　聂元梓去上海，反对派紧随南下，与聂元梓唱对台戏，在上海繁华地区贴出了《聂元梓为什么现在来上海》等大字报，并在校园内发起了一个“召回聂元梓的签名运动”。也有人清醒地指出：“聂元梓等人的第二张大字报早就不是维护党的利益、维护广大革命人民的根本利益，而是在耍阴谋、玩手腕”，是“以一种‘极左’的面孔出现来迷惑群众，转移目标，哗众取宠，沽名钓誉，争当英雄角色”。

　　反聂的星星之火，燃成了燎原烈焰，学校里很快形成了以批判聂元梓为旗帜的“井冈山”和“红联军”两个组织。他们之中，有些人清醒地意识到聂元梓和中央文革的密切关系，大多数人则出于对左派缺点的真诚的批评。以反聂和保聂为界线，北大顿时形成了截然分明的两个阵营。矛盾愈来愈激化，从口头和大字报的互相诘难，上升为对舆论工具的争夺，终于发生了“井冈山”和“红联军”联合砸校刊的事件。（注1）

　　从汉中分校与周培源、邓朴方一起回来的哲学系学生赵丰田，此时已成为“红联军”的头面人物，成了批判聂元梓的理论家。他与马洪路、魏秀芬等20人，闯进了《新北大》报临时编辑部。赵丰田在校刊的18条报导，如《文化革命的里程碑、北大历史的新篇章—我校文化革命代表大会隆重开幕》、《和贫下中农一起斗黑帮》、《在斗争中活学活用毛主席著作》等报道上面，统统加上了“吹牛”两字，并砸了窗户、玻璃、桌椅。砸完校刊后，张贴了一张《告北大和全国革命同志书》便匆匆离去，还贴出了这样的大标语：“好得很，如不好，可再砸。”“如不乱，可再砸。”

　　砸校刊的事件震动了北大。尽管肇事者当时并未意识到此事与聂元梓批判邓小平有何联系，校文革一方已经将二者联系在一起。认定他们砸校刊的时间发生在《邓小平是党内走资本主义道路的当权派》这篇大字报贴出的后4天，他们想用打击聂元梓威信的办法，抵消这篇大字报的革命影响，阻挡文化革命潮流的向前发展。江青则毫不含糊地对此事件定了性：“砸校刊的行为就是现行反革命。”“井冈山”负责人马洪路，向中央文革小组成员王力、戚本禹汇报北大运动情况，遭到戚本禹的严厉批评：“你们回去要向聂元梓做检讨！”

　　此时的周培源，虽然是个旁观者，但他不是没有自己的看法。他并没有以“政治需要”作为衡量任务的天平，而是以严肃的理论依据和中央文件作为判别是非的标准。他认为文革“16条”讲过：“党的领导敢不敢放手发动群众，将决定这场文化大革命的命运”，四清“23条”指出：好话、坏话、正确的话、错误的话，都要听。特别是对那些反对的话，要耐心听，要让人家把自己的话说完。认为对待反对派的态度，就是对待群众态度的试金石。

　　周培源亲眼目睹了聂元梓的两次表现。

　　一次，聂元梓本来答应参加反对派的在“五四”操场召开的数千人的集会，听取他们的意见，后来，改变主意，出席了支持派召开的集会。在会上她带有挑拨性地说：“我们不能登他们的讲台，我要在这个无产阶级的讲台上讲话！”当会上有人喊口号：“只许左派造反，不许右派翻天！”聂元梓先是与在场的其他文革常委大鼓其掌。后来，她的讲话激起了反对派强烈的抗议，她为了掩盖事实，又指使别人在录音带上做了手脚，制造了“涂改录音带事件”。

　　另有一次，聂元梓先是扬言不接见反对派，后来又接见了反对派，接见之中，又将支持派放了进来，使两派发生了争吵。周培源认为，这“在客观上同样起了挑动群众斗群众的作用”，“很不符合16条正确处理人民内部矛盾的指示精神”。（注:2.）

　　出于对北大运动的关心，以及帮助聂元梓和校文革改正工作的善良愿望。周培源于12月14日，亲自用毛笔抄写了一篇题为《致聂元梓同志和校文革全体常委的公开信》，近万字的大字报，贴在29楼的北墙上。在这篇大字报中，他就汉中分校的运动、聂元梓在外事工作中的表现，以其对两派群众的不同态度，提出了自己一些真诚而温和的意见，以善良的愿望，希望聂元梓与文革认真地不折不扣地按毛主席革命路线与“十六条”所制定的有关政策办事。这反映了他文质彬彬的君子之风，学者之风，但也表明了他的人性之真纯，试图以良善的道德愿望，而聂元梓此时正是政治上的大红人，更由于品质上的刁蛮任性，骄横不可一世，听不得半点不同意见，她怎么能接受周培源的善意批评呢？

　　在这篇大字报中，周培源还十分可贵地提出了“严格区分两类矛盾，不折不扣地执行十六条”，明确提到了段学复、黄昆、麻子英、刘雯等人，“只是说了一些错话，犯了一些错误”，“但他们不是黑帮，不是三反分子”。“应该让群众提出材料，深入辩论，作出结论。如果群众认为他们不是黑帮，不是三反分子，那么就应该解放他们，对他们采取团结—批评—团结的方针，让他们和群众一起参加运动，斗争黑帮。”

　　在当时惟恐不左，惟恐有人说为陆平黑帮辩解的情况下，周培源提出了解放这些被称作“资产阶级反动权威”和“陆平黑帮分子”的主张，是需要实事求是的勇气和对中央政策的真诚认真的态度，这在当时的“革命”氛围中，是一贴助人思考的清凉剂，尽管未起作用，也是殊为难得。