新中国诞生之后，社会制度发生了根本的变革。改革旧的教育体制，以适应社会主义的政治、经济和文化建设，已成为必然之势。在9月召开的政治协商会议上通过的、具有宪法性质的《共同纲领》中明确规定：人民政府应有计划、有步骤地改革旧的教育制度、教育内容和教育方法。
人民政府于1950年即开始对高等教育进行调整和改革。是年6月，教育部召开了第一次全国高等教育会议。与会者来自各大行政区教育部、全国各重要院校及有关方面。叶企孙和周培源代表清华大学出席。会上，教育部拿出了一个《大学组织法》改革方案供大学讨论。这个方案的主要内容是模仿、学习苏联的社会主义高等教育模式。与会人员对此争论很大。上海交通大学校长吴有训不无情绪地讲：“如改，北京先改，上海仿做。”其他一些人也有各种意见。
我国的高等教育渊源与苏联迥然不同。它发端于19世纪末，先是学习日本，后来又多受美国的影响。到解放前夕，我国高等教育体制基本上是美国式的，而其渊源则远在英国。英美式高等教育的突出特点是，在一些大城市多所综合性大学并存。受其影响，我国解放初期仅在北京就有北京大学、清华大学、燕京大学、辅仁大学和北京师范大学等多所综合性大学。苏联的高等教育则是欧洲大陆式的，每座城市只有一所大学，其它均为专科性学院。如50年代初，苏联有33所大学，而专科性学院达800多所。在首都莫斯科市只有一所莫斯科大学。
当然，我们亦有自己的传统，即深受苏联教育影响的解放区教育传统。它面向工农兵，为生产劳动服务，突出马列主义政治思想教育，取消一些所谓脱离实际的课程。解放后，则在计划经济的情况下，要求有计划地培养人才，能够精通某项专门业务，以适应计划经济的需求。因此，“通才”教育遭到了否定，认为这是反动统治阶级生产无政府状态下的产物。同时，为了改变旧中国高等教育分布不平衡，高等院校密集于东部沿海城市的状况，此次教育改革，亦要求调整全国高校布局，加强中西部的建设。
刚刚踏入新社会门槛的一些教育界人士，虽然在政治中拥护共产党领导的新政府，但在教育观念上依然沿袭原有的思维。他们对突如其来的全面模仿苏联的调整改革，还缺乏足够的思想准备，许多人存有抵触情绪。这就使得1950年高教会议精神未能得到很好的贯彻执行。《大学组织法》下达至各高校，没有得到切实的响应。
周培源同样不理解这种改革方向。他不仅认同英美式的教育模式，习惯旧的教育体制，还对旧清华怀有深厚的感情。1951年夏天，他牵头制订了一个新清华的高速改革方案，非但没有贯彻政府的基本方针，反而要强化清华的原有体制，以学习莫斯科大学组织形式为名，保留综合大学框架，并增补和充实某些系科，与改革的精神南其辕而北其辙，自然遭到了教育部的否定。
如何彻底改造旧思想，更好地为新中国服务，周培源心中有时感到有一种不由自主的惶惑。
该年秋季，知识分子思想改造运动拉开了序幕。
这次运动，早在党中央的计划之内。毛泽东在政协一届三次会议上便曾指出：“思想改造，道德是各种知识分子的思想改造，是我国在各方面彻底实现民主改革和逐步实现工业化的重要条件之一。”（注5）马寅初于1951年6月就任北京大学校长职务以后，在实际工作中，如院系调整、课程设置，对教学内容和教学方法的改革等方面，出现了不少问题和阻力。阻力主要来自教职员工的旧思想和旧习惯。因而，他禀承中央对知识分子进行思想改造的精神，在北大发端，在全校教职员工中开始了一次有计划、有系统的学习运动，通过学习、批评与自我批评，促进思想改造。为了搞好学习，马寅初邀请周恩来总理给北京大学教职员作了一次报告。
党中央和周恩来总理赞扬和肯定了马寅初在北大的做法，并决定将这种做法推向京津以至全国高校。周恩来于9月29日下午在京津高等学校教师学习会上，向3000余名高等学校的教师作了题为《关于知识分子的思想改造问题》的报告。周总理的报告，采取了前所未见的现身说法，向与会者诚挚地回顾了自己参加革命30多年来的思想改造过程，分析了自己犯错误、栽筋斗、碰钉子的原因。表示自己虽然担负了政府的领导工作，但还要学习和改造。他要求知识分子应该首先站在人民的立场上来。他还要求大学建立这样一个信心：“只要决心改造自己，不论是怎样从旧社会过来的，都可以改造好。”
周恩来总理的报告，晓之以理，动之以情，放下了为“官”的架子，以知识分子身份，朋友式地与大家交心，显示了人格的魅力和共产党思想工作的威力，使“听者莫不感动”。周恩来真是党内一个灵魂工程师，他十分了解中国知识分子的思想和心理。中国知识分子吃软不吃硬，服理不服管；攻之其心，动之以情，便能得到知识分子的拥护。中国知识分子从整体上讲是“单纯”的，虽有一些书生傲骨，但见“诚”即软，为“情”所化，正如陈寅恪在1957年所写的一首诗中所说：
书生都有嶙嶒骨，最重交情最厌官；
倘若推诚真依赖，自能沥胆与披肝。
周恩来总理的报告，有力地推动了京津两地高校的知识分子思想改造运动，并很快波及到全国。1952年初“三反”、“五反”运动的开展，进一步推动了这个运动。各学校结合“反贪污、反浪费、反官僚主义”，师生们深入开展批判“资产阶级腐朽思想”，使知识分子、尤其是旧社会过来的知识分子，要在这个运动中进行“脱胎换骨”的改造。
运动分为三个阶段：第一阶段是思想动员阶段，通过学习有关马列主义毛泽东思想文献，提高认识。第二个阶段是回顾一生经历，挖掘“资产阶级腐朽思想”，进行自我抨击与自我谴责。第三个阶段则是改变立场和价值取向，振奋精神，洗涤头脑，重新做人。
这个思想改造运动，产生了颇为神奇的效果。周培源与他的清华的朋友和同事们，绝大多数都十分虔诚地接受了改造。梁思成给自己戴上了高帽，谓自己在解放后“在事实上做了许多反抗共产党的领导和损害新中国的建设的事，使我非常痛心。”（注6）危言耸听，而“事实”究竟有哪一些呢？无非在院系调整中主张清华应该成为一个综合性大学，营建系学制为5年，所培养出来的建筑师应该是“学问渊博的、博古通今的、既匠又儒的所谓‘通才’”，他自己“就是自大，抗拒调整”。另外，尚有在教学上“完全做了资产阶级的建筑理论的俘虏”，搞所谓“现代式”或所谓“国际式”的建筑，等等。普通的工作主张和学术思想，被上纲上线为严重的政治问题，可见当时“思想改造”的气氛了！人们似乎都在互相攀比，谁的上纲越高就越革命，政治态度就越好。
作为当时清华文学院院长兼哲学系教授的金岳霖，除了批判自己唯心论的资产阶级教学思想之外，亦批判了自己“超政治”、“超阶级”、“超世俗”、“超人间”的“腐朽人生观”，批判了自己亲美和反苏的政治态度，并十分积极十分动情地表了决心：我从前是对不住人民的人，是有罪过的人，从现在起，我要作一个新人，要作一个名副其实的人民教师。”（注7）金岳霖是这样表态，也是这样行动的。他不仅无端地否定了自己在解放前为追求国家强大、自由、民主，而批判国民党腐朽政府的堪称光荣的历史，也完全否定了自己数十年研究成形的哲学思想。他在他们这一个高级知识分子群体中，称得上是思想改造运动中的一只领头羊，并且以后一直表现积极，思想意识上实现了“革命性的飞跃”，是较早完成改造而加入共产党组织的高级知识分子之一，深为毛泽东主席关注与赞赏，后来几次成为毛泽东家中的座上客。他不仅积极自我改造，也还积极地去改造他人。冯友兰在运动中多次检查交代，未能过关，金岳霖奉命到冯家去做工作。“一进门，就说：‘兰生呀，你有什么对不起人民的地方，可要彻底交代呀。’说着说着，就扑上去和冯氏抱头痛哭。两位老朋友哭得如此凄惨，在场的人无不转身拭泪。”（注8）周恩来总理以情动人的思想工作法，在这里被发展到极致，中国两位顶尖的哲人，也失却了理智与冷静，被眼泪所感化了。
周培源作为学校的主要领导人之一，又是清华领导“三反运动”的专门机构“节约检查委员会”的领导成员之一，自然要以身作则，更严格地要求自己。周总理的讲话，使他内心产生了震撼：周总理尚且如此，我们怎能不深刻地改造自己呢？而且，人们竞相自我揭露，自我批判，刮起了宁“左”勿右之风。正如顾颉刚在他的日记中叙述的那样：“三反之时，不贪污不如贪污；思想改造时，则不反动不如反动。以贪污反动者有言可讲，有事可举，而不贪污、不反动者人且以为不真诚也。”(注9)
周培源作了一个“深刻”的检查，在1952年4月8日的《光明日报》上，刊发了长达6000多字的题为《批判我的资产阶级的腐朽思想》长文。文章真诚地表示：“我愿意撕下我的假面具，暴露我的丑恶面貌，在群众面前承认我的错误，批判我的资产阶级腐朽思想，清洗帝国主义文化侵略的遗毒，下决心重新做人。”文章对自己无限上纲，自我诬蔑，几乎把文章写成了一份认罪书。它一开始便劈脸给自己泼了一大盆污水：
“伟大的三反运动，使我有勇气正视我过去所犯的严重错误。我一向利用‘专家’、‘学者’的地位往上爬，作了反动政府的点缀品，甚至发展到替反动政府做义务宣传。我的崇美、亲美的思想，使我在抗日战争的时期，丧失了民主立场，投到美帝国主义的怀抱里去；在科学技术上，成为美帝国主义者侵略世界和平人民的帮凶工具。三反运动使我认识到，资产阶级的腐朽思想和帝国主义文化侵略给我的毒害，竟使我在解放后一段很长的时间内，还轻视党在文教政策上的领导，严重地妨碍了学校的改革和进步，替人们带来了莫大的损失。”
由于中美两国当时正在朝鲜战场上兵戎相见,相互把对方视若寇仇。因此，作为有深厚美国背景的周培源，自然要把自我谴责的重点放在“崇美、亲美”上。为了表明自己要与旧思想彻底决裂，他不惜采用了可以采用的最激烈的言词：
“在清华学校的五年准备，已经使我在思想上成为一个彻头彻尾的美帝国主义文化侵略的俘虏，甘心前往美国接受美国的‘文明’，并在‘学成’返国之后愿为传播帝国主义的思想毒素，来毒害中国青年。”
“我在1929年返国回到清华教书的时候，我的全身充满了资产阶级的思想毒菌。我是一个丧失了民族自尊心的美帝国主义文化教育贩子，回国来准备毒害中国青年。”
“1941年底太平洋战起，我崇美、亲美思想达到了行动的阶段。抗战一开始，我就存了依赖帝国主义——尤其是美帝国主义的心理，抱了希望国际上起变化的这样一个卑鄙的主观愿望，来替中国人民神圣抗战找出路。我在1943年的前往美国，充分暴露出我的自私自利的丑恶思想。为了一心妄想做‘国际学者’，我宁愿在抗日战争的艰苦阶段，丧失了民族的立场，投到帝国主义的怀抱里，去参加美帝国主义所主持的企图屠杀全世界和平人民的军事科学研究的工作。我用了报效所谓民主国家反抗法西斯的科学研究的大幌子，无耻地向美国物理界的学阀密立根请求工作机会……我出卖了我的民族，出卖了自己，换来了一年半的从飞机上掷鱼雷入水问题的研究，并参加了美国海军部的科学会议。我做了美帝国主义的工具，还自以为有‘名誉’，有‘地位’，毫不知耻洋洋得意，认为我的专门知识，到底有了‘出路’……我要控诉我自己，控诉我这个丧失人民立场、甘心为美国刽子手作帮凶的所谓‘科学工作者’！”
除此之外，他还检查了解放后的多种错误思想，如“把知识分子的自我改造比作反动派的强迫人去‘受训’”；“只知道依照我资产阶级‘国际学者’的思想去做科学研究是高于一切的工作”，“看不起行政，鄙视行政”。“抗拒吸收苏联的先进经验”，“在思想上抵抗教育部全国高等学校的院系调整计划”，“而且在解放之后同样地毒害着下一代的青年，要他们走自己的老路，成为脱离政统、脱离人民的‘学者’”……
应该说，周培源把能够找到的自我诬蔑、自我谴责的词都是用上了；把能够找到的“罪行”和“错误”都拉出来示众并批判了；较之梁思成、金岳霖的检讨文章，上纲更高，用词更狠，坦白得更为彻底。他在运动初期，还“把知识分子的自我改造比作反动派的强迫人去‘受训’”，何以后来脑筋来了180度大转弯？他以年届五十，当是知天命的思想成熟时，何以如此轻易地完全否定自己呢？这里，我们似乎可以理解为迫于形势的言不由衷的虚饰；更可以理解为一个历时数月之久的运动，理想主义与政治压力的反复交替，持久的心力憔瘁和反复的思想灌输，经受了除旧洗脑、忏悔更新的宗教皈依般的过程。运动之中，日益升温的“宁‘左’勿右”以年轻人为主的群体攻势，逐渐打掉了一些从旧社会过来的“老”知识分子的自尊和赖以安身立命的心理自信。忏悔的结束，便是人生如梦，觉今是而昨非，以往一无是处。正如费孝通在运动后期声言：“我愿意低头了……”许多老知识分子，尤其是有着欧美背景的知识分子，都在原罪感的驱使下表示“愿意低头了”。作为一个思想比较“单纯”，并且得到新政权重用和信赖的周培源，也终于在这个知识分子洗脑的运动之后低下了头。
思想变化是一个春雨润物、潜移默化的缓慢过程，不是靠强制式的运动所能奏效的。如果说，这个运动在开始时，尚有知识分子们发自内心的主动要求的话，此后便在“宁‘左’勿右”的政治之下，并与“三反运动”混同一起，变成一种强制性的政治“过关”。这个运动，分离了知识分子与工农的关系，打击了知识分子对新政权的热情。本来，改造的目标是要让知识分子融汇到工人阶级之中去，而结果则适得其反，知识分子作为群体成了工人阶级的异已阶层。知识分子较之劳动人民的手是脏的，脚是臭的，思想是腐朽的，必须臣服于工人阶级，为工人阶级所驱使。这就是后来的“外行必须领导内行”、“越大老粗越光荣”、“知识越多越反动”，知识分子沦为继地、富、坏、右、叛、特、反之后的“臭老九”，开了一个不良的先声。在计划经济的框定下，导致人才单位所有制、地区所有制，使知识分子实际上失去了迁徒和选择工作的自由。全国一统的薪给制成了知识分子赖以生存的物质基础，知识分子的思想学术个性与独创性见解，也受到了严重束缚与压抑。盲目的亲苏反美，对苏联的东西产生了教条主义倾向，而对西方先进的科学教育成果则视而不见，不加分析地予以排斥，使我国的科教事业受到了不可估量的影响。
改造是无穷尽的，以此次运动为起始，改造即成了制约知识分子的紧箍咒，不止是唐僧要念，孙悟空自己还要给自己念。这场运动之后周培源还一直怀有资产阶级知识分子的原罪感，长期给自己念着自我改造的咒语。直至1959年3月，在“九三”学社召开的全国宣传工作会议上，他还做了一个长篇发言，讲自己对思想改造的体会。言语较之以前平和得多，但其精神则与《批判我的腐朽的资产阶级思想》是基本一致的。只是，较之人文科学与社会科学学者而言，从事自然科学研究的他还算是幸运的。他无须用所谓无产阶级思想的解剖刀，剖析自己的学术思想倾向。尽管后来有人扬言：“相对论是伪科学，爱因斯坦是科学骗子”，但这是毫无科学论证的随心所欲的放言，无须正面予以辩解。力学与其中的湍流领域的研究，是重要的基础理论，是我国生产建设不可或缺的，不但不能放弃，而且还须加强。因此，在五十年代持续不断的知识分子思想改造中，他的后院是安静的，没有后顾之忧。不像冯友兰、金岳霖等人，要从根本上否认自己安身立命的哲学思想。即使是从事建筑学研究的梁思成，他还在建筑上给自己戴上“资产阶级”的帽子。相形之下，虽周培源批判自己的政治调子更高，但却没有像冯友兰、金岳霖、梁思成那样伤筋动骨全面否定自己。`在专业思想上，他无须做自我否定，作违心之言。后来，“左”倾思想恶性膨胀，“四人帮”组织批判爱因斯坦与相对论。周培源没有屈服与政治权势，而进行了顽强的科学抗争，表明了他鲜明的科学精神与实事求是的态度，这为自己正直的科学的人生，埋藏了一个合理而光辉的伏笔。
1949至1952年，民主改革运动接连不断，“抗美援朝”、“土地改革”、“忠诚老实”、“三反五反”、“知识分子思想改造”等等。运动影响了学校的教学秩序，有时要停课。身为教务长，他积极地配合了运动，在教学安排中为运动让路；然而，他并没有完全随从一些青年学生和教师积极分子忽视学习与教学的倾向。他依然严格管理教学，从不放松。运动之后，坚持上课，并把运动中耽误的课程补回来，照常考试和计分，维持了正常的教学秩序。无论政治工作与行政工作怎样繁忙，但对于教学与科研，他是决不放弃的。他给物理系的学生们开设了“电动力学”和“相对论”的课程。1950年，他还招收蔡树棠为自己的研究生，从事宇宙相对论湍流理论的研究。他对蔡树棠严格要求，尽心扶持，着重提高他的分析问题的能力。提出自己看法的能力和明辨是非的能力。周培源访英归来，未及洗尘，即把自己的门生叫到身边，给了他两篇结论截然相反的有关宇宙论的文章，让他分辨谁是谁非。他还知道蔡树棠全面地阅读有关湍流理论的多种文献资料，指导他完成研究生论文并通过了答辩。后来，他们一起从事均匀各向同性湍流的研究工作，得到了均匀各向同性湍流衰变后期的涡性结果和衰变规律。
周培源一生最浓厚的兴趣，还是科学研究。
“知识分子思想改造”与“三反五反”、“忠诚老实”等运动之后，包括周培源在内的清华许多知识分子，思想有了很大的转变。因此，在1952年教育部再次起动院系调整时，情况便有了很大的变化。
教育部遵照中央学习苏联的方针，对清华院系调整提出了一个方案：除农学院早已调整到北京农业大学之外，还要把文、理、法三个学院调整到北京大学，其中理学系的地质系还要调整到新成立的北京地质学院和北京矿业学院。清华只剩下一个工学院，而其中还要把航空系调整到新成立的北京航空学院。清华一些教师们，感情上一时不能接受这种方案，有些人激动地说：“清华五马分尸，肢解掉了”！于是，教授中酝酿着一个院系齐全的“大清华”校改方案，不仅不让某些院系调整出清华，而且还要在清华增没一些新的院系。显然，这与教育部的方针大相径庭。一些教授言词恳切地要求教委会，本着国家和清华的长远利益，保留和充实清华，把这个“大清华”的方案递交教育部。周培源何尚不这么想呢？他对清华体制和清华大学情深如海，去年他曾亲自主持制订了清华的教改方案，与这个“大清华”方案源出一脉。但是，今天的周培源已非过去的周培源，“思想改造”运动已使他的思想发生了蜕变。运动中，他已严厉地作了自我批判，认定“那个方案披上了一件莫斯科大学组织形式的外衣，而里面盖着极丑恶的实质。名义上说是去配合祖国需要，而实际上是要保持帝国主义的综合大学组织形式。”（注10）他将校改问题上升到大是大非的政治问题，并且清醒地意识到此中的厉害关系，他当然不可能接受一些人的提议，将“大清华”的方案再次呈报教育部。最后，校委会与周培源说服了清华同事，未将其上报，使这个富有生命力的方案胎死腹中，从而顺利地完成了清华的院系调整工作。
院系调整成功了，清华也确实被肢解了。四十多年后，人们终于醒悟过来了，收拾旧山河，再造“大清华”。逝水迢迢不复回，失去的永远无法弥补。清华人志在将清华办成世界一流学府，工科院校，独木难成林，怎能展示“通才”教育的辉煌？北大、清华——中国这对高教系统的双子星座，并不会因削弱一方，而显示一方的光耀；他们只有在相互照射之中，才能显示一方天宇的壮丽。往者不可谏，来者犹可追。我们庆幸，清华之星在绕行数十年之后，终于回到原来的轨道。不知那些白发已经盈颠的昔日清华学子，抚今追昔，将引发怎样的感慨！？
注1：请参见汤佩松《为接朝霞顾夕阳》P131，132。科学出版社1988年出版。
注2：见《科学巨匠，师表流芳》P42，43，中国科技出版社1992年5月。
注3：北京市档案馆全宗号1，目录号13，卷号13。
注4：现清华图书馆施滉纪念铜牌上镌建立于1949年4月29日，与档案有异，待考。
注5：《三大运动的伟大胜利》载《毛泽东选集》第五卷第49页。
注6：《批判我的资产阶级思想》五十年代出版社1952年出版，P151。
注7：《光明日报》1952年4月17日。
注8：君实：《冯有兰——“人类精神的反思”的不断求索者》，载《当代中国十哲》，华夏出版社1991年出版，p206
注9：《历劫终教志不灰 我的父亲顾颉刚》第249页，华东师大出版社，1997年。
注10：《光明日报》1952、4、8。