苗期虫害主要有地老虎、金针虫、金龟子、蝼蛄等地下害虫，以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马等叶片害虫，以地老虎、苗蚜危害最重。蕾铃期害虫主要有棉铃虫、红铃虫、盲椿象、棉蚜、玉米螟、美洲斑潜蝇、棉蓟马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、棉蓟马、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。近年在抗虫棉区盲椿象和棉蓟马的危害逐年加重，已上升演替为继棉铃虫后棉花蕾铃期的头等害虫。

　　棉铃虫，Helicoverpa armigera Hubner，鳞翅目，夜蛾科，属昆虫的一种，是棉花蕾铃期的大害虫。 广泛分布在中国及世界各地，中国棉区和蔬菜种植区均有发生。黄河流域棉区、长江流域棉区受害较重。近年来，新疆棉区也时有发生。寄主植物有20多科200余种。棉铃虫是棉花蕾铃期重要钻蛀性害虫，主要蛀食蕾、花、铃，也取食嫩叶。 该虫是中国棉区蕾铃期害虫的优势种，近年为害十分猖獗。

　　地老虎，成虫体长 17～23mm 、地老虎翅展 40～54mm 。头、胸部背面暗褐色，足褐色，前足胫、跗节外缘灰褐色，中后足各节末端有灰褐色环纹。前翅褐色，前缘区黑褐色，外缘以内多暗褐色；基线浅褐色，黑色波浪形内横线双线，黑色环纹内 1 圆灰斑，肾状纹黑色具黑边、其外中部 1 楔形黑纹伸至外横线，中横线暗褐色波浪形，双线波浪形外横线褐色，不规则锯齿形亚外缘线灰色、其内缘在中脉间有 3 个尖齿，亚外缘线与外横线间在各脉上有小黑点，外缘线黑色，外横线与亚外缘线间淡褐色，亚外缘线以外黑褐色。后翅灰白色，纵脉及缘线褐色，腹部背面灰色。

　　蚜虫——繁殖最快的昆虫。蚜虫俗称腻虫或蜜虫等，隶属于半翅目（原为同翅目Hemiptera），包括球蚜总科Adelgoidea和蚜总科Aphidoidea。蚜虫主要分布在北半球温带地区和亚热带地区，热带地区分布很少。世界已知约4700余种，中国分布约1100种。前翅4～5斜脉，着生于触角第6节基部与鞭部交界处的感觉圈称为“初生感觉圈”，生于其余各节的叫“次生感觉圈”。蚜虫为多态昆虫，同种有无翅和有翅，有翅个体有单眼，无翅个体无单眼。具翅个体2对翅，前翅大，后翅小，前翅近前缘有1条由纵脉合并而成的粗脉，端部有翅痣。第6腹节背侧有1对腹管，腹部末端有1个尾片。其中小蚜属、黑背蚜属及否蚜属为中国特有属。